ESTUDIO DE PROTOCOLOS DE MANEJO E HIGIENE EN GANADERÍAS PARA MINIMIZAR EL IMPACTO ECONÓMICO DE LAS ENFERMEDADES INFECCIOSAS A TRAVÉS DEL ESTUDIO DE LA MICROBIOTA

ESTUDIO DE PROTOCOLOS DE MANEJO E HIGIENE EN GANADERÍAS PARA MINIMIZAR EL IMPACTO ECONÓMICO DE LAS ENFERMEDADES INFECCIOSAS A TRAVÉS DEL ESTUDIO DE LA MICROBIOTA 
(ENFIN)

Periodo: 2022 - 2025

Objetivo:
El objetivo principal de este proyecto es dilucidar el origen principal de las diarreas en neonatos lactantes y establecer unos indicadores de manejo de las explotaciones de bovino, ovino y porcino a través el estudio de la microbiota intestinal y del ambiente mediante secuenciación masiva, evaluando diferentes factores externos como la alimentación, el manejo y los tratamientos con antimicrobianos. El proyecto pretende caracterizar la microbiota de los animales de las especies bovina, ovina y porcina a lo largo del periodo de lactación en diferentes explotaciones, contemplando las dos orientaciones del sector (cárnica y lechera), cada una de ellas con sus particulares medidas de bioseguridad, protocolos de vacunación y casuística de patologías digestivas y respiratorias. 

Objetivos específicos

• Objetivo 1: Identificar las explotaciones ganaderas con problemas de pérdidas económicas por mortalidad y morbilidad debidas a diarreas. 
• Objetivo 2: Estudiar los factores microbianos de las explotaciones tanto en los animales como en el ambiente que están influyendo en la aparición de diarreas y procesos asintomáticos que cursen con disminución de la rentabilidad de la granja. 
• Objetivo 3: Enumerar los riesgos microbiológicos vinculados a los procesos diarreicos y establecer un mapa de genes de resistencia a antimicrobianos y genes de virulencia asociados a aislados correlacionados con la aparición de diarreas y procesos asintomáticos que cursen con disminución de la rentabilidad en las explotaciones. 
• Objetivo 4: Determinar la eficacia de medidas de desinfección y tratamiento y establecer una correlación con la aparición de factores microbianos y proponer unas medidas preventivas basadas en buenas prácticas de higiene y correctas pautas de manejo en las explotaciones. 
• Objetivo 5: Ponderar el impacto económico de las medidas a implementar y establecer protocolos de manejo que influyan en una microbiota sana.

Resultados hasta el momento
Hemos iniciado este estudio en ovino para esclarecer si el síndrome se debía a un agente etiológico único o era producto de una disbiosis, se tomaron muestras rectales a partir de hisopo de corderos, sangres, contenido del paquete intestinal, madres, agua, camas etc. de distintas explotaciones ganaderas ovinas de la comunidad de Castilla y León. Las muestras fueron analizadas para su microbiota mediante secuenciación de regiones variables del gen codificante del ARNr 16S y por cultivo microbiológico clásico. Los resultados de este estudio, han mostrado una fuerte presencia del género Clostridium (31,01%) y Escherichia (34.87%) en individuos enfermos constituyendo el 65.88% de la comunidad bacteriana, frente al 27 % en corderos sanos y el 38,89% en recuperados. Por lo que presuponemos que la enfermedad de la boca mojada en nuestra comunidad autónoma se deba a una alteración de la microbiota con un alto contenido en bacterias del género Clostridium y Escherichia.

Para determinar las especies bacterias que conforman el género de Escherichia, en individuos con la afección, se obtuvieron aislados mediante técnicas de aislamiento microbiológico en agar MacConkey y mediante secuenciación de genoma completo (WGS) se han detectado 181 genes codificantes de factores de virulencia, principalmente relacionados con la captura de hierro y la adherencia mediante el uso de fimbrias y no así genes que codifiquen toxinas. 

Otro de los objetivos principales del estudio, es establecer cuales son los principales focos de contaminación en el síndrome de la boca mojada. Para ello se está estudiando mediante secuenciación 16S y técnicas de recuento microbiológico la microbiota en cuatro medios ambientales diferentes: paja que cubre el suelo donde tienen lugar las parideras, la contaminación en calostros, en agua de bebedero y la contaminación vaginal de las madres. Los resultados expuestos anteriormente son preliminares pero se ha podido establecer un punto de partida para esclarecer un síndrome cuya causa ha sido desconocida durante más de 80 años. Se ha iniciado el estudio de microbiota tanto

respiratoria como intestinal en terneros de cebaderos con problemas de diarreas.
Este estudio pone de manifiesto la utilidad del empleo de técnicas NGS al estudio de enfermedades infecciosas en especial en clínica veterinaria donde su aplicación actualmente es muy escasa.

Acciones de difusión

Noticia sobre el proyecto en la web de ITACyL. 26 de enero de 2023 

Publicación revista TOPGAN AGORA "Microbiota de la enfermedad de la boca mojada en pequeños rumiantes" 2022.

Ponencia en Feria OVINNOVA 2022